Zwischen der Halbinsel Zudar auf Rügen und Stahlbrode auf dem Festland auf halbem Wege zwischen Stralsund und Greifswald verkehren zwei Autofähren der Weißen Flotte im halbstündlichen Wechsel.
Vom Rügen („Muttland“) nach Wittow verkehrt die Wittower Fähre, eine Autofähre der Weißen Flotte.
Vom Fährhafen Sassnitz in Mukran gehen Fährverbindungen auf die dänische Insel Bornholm, ins schwedische Trelleborg, ins Baltikum nach Klaipėda und nach Sankt Petersburg ab.
Die ebenfalls zum Landkreis Rügen gehörende Insel Hiddensee ist vom Fährhafen Schaprode aus im Linienverkehr mit Rügen verbunden, der zunehmend in den integralen Taktfahrplan auf der Insel Rügen eingebunden wird. Des Weiteren verkehren Schiffe im Linienverkehr von Stralsund, von Wiek auf Rügen sowie von Breege aus nach Hiddensee. Im Ausflugsverkehr gibt es Schiffsverbindungen von Lauterbach nach Gager sowie zwischen Sassnitz, Binz, Sellin und Göhren, hinzu kommen Rundfahrten vor allem von Sassnitz aber auch von Lohme zum Königsstuhl. Ausflugsdampfer verkehren auch zwischen den Seebädern und Peenemünde auf Usedom; dort besteht Anschluss and die Usedomer Bäderbahn (UBB).